Przygodę z medycyną rozpoczął jako stypendysta norweskiego rządu w szpitalu w Oslo (1997-98). W latach 2007-2009 pracował w prywatnych placówkach medycznych w Wielkiej Brytanii.
Kierował Oddziałem Rehabilitacji Kardiologicznej w Sztumie. Pracował w Oddziale Kardiologii Inwazyjnej Polsko-Amerykańskich Klinik Serca oraz Szpitali Polskich S.A. W latach 2018-19 był ordynatorem Oddziału Chorób Wewnętrznych w Pucku.
Pacjenci wybrali go Kardiologiem Roku w plebiscycie "Hipokrates Pomorza 2022". Obecnie prowadzi prywatną praktykę kardiologiczną.
W 2023 r. jako członek Polski 2050 Szymona Hołowni bez powodzenia ubiegał się o mandat w Sejmie z 8. miejsca listy koalicji "Trzecia droga" w okręgu nr 25 zdobywając 1308 głosów.
Jest żonaty, ma troje dzieci.
Zdaniem Andrzeja Pecki, gdański magistrat potrzebuje “nowego DNA”, co miałoby polegać na zatrudnieniu fachowców i specjalistów, a także na większym niż dotąd zaangażowaniu Miasta w otwarty dialog społeczny ze wszystkimi zainteresowanymi środowiskami.
Andrzej Pecka, w razie wygranej, zamierza m.in. przeprowadzić audyt wydatków budżetu miasta Gdańska, uczestniczyć regularnie w obradach Rad Dzielnic, a także przyznać im większe kompetencje. Jego zastępcami mieliby zostać Jolanta Banach - przewodnicząca Nowej Lewicy w Gdańsku oraz Jacek Hołubowski - przedsiębiorca, reprezentujący ruchy miejskie.
