W realizacji zadań Biuro współpracuje ze wszystkimi wydziałami Urzędu, jednostkami organizacyjnymi Miasta oraz z gminami obszaru metropolitalnego, a w szczególności z:
- Biurem Prezydenta, Wydziałami Edukacji, Rozwoju Społecznego oraz Infrastruktury w zakresie organizacji uroczystości, spotkań i imprez sportowych
- Wydziałem Budżetu Miasta i Podatków w zakresie planowania i wykonywania budżetu oraz wieloletniej prognozy finansowej
- Wydziałem Polityki Gospodarczej w zakresie organizacji imprez sportowych i sportowo – rekreacyjnych organizowanych w Gdańsku oraz organizacji obchodów jubileuszowych stowarzyszeń sportowych
- Wydziałem Projektów Inwestycyjnych w zakresie Bazy Priorytetów Inwestycyjnych oraz realizowania projektów finansowanych z funduszy zewnętrznych
- Wydziałem Kadr i Organizacji w zakresie prowadzenia spraw pracowniczych kierowników jednostek podległych Miastu
- Biurem Prezydenta w zakresie opracowywania kalendarza imprez sportowych, strategii promocyjnej związanej z polityką sportową Miasta, rozwojem produktów turystycznych Miasta oraz zamieszczania danych turystycznych na stronie internetowej Miasta
- Biurem Prezydenta ds. Kultury w zakresie organizacji imprez sportowo – kulturalnych oraz projektowania i realizacji zadań z zakresu turystyki kulturowej
- Wydziałem Gospodarki Komunalnej w zakresie inicjowania i realizacji działań prowadzących do wypełnienia przez Miasto postanowień Gdańskiej Karty Mobilności Aktywnej, rozwojem tras i ścieżek rowerowych oraz wnioskowania i przedkładania propozycji zagospodarowania nieruchomości (w tym zwalnianych nieruchomości)
- Wydziałem Bezpieczeństwa i Zarządzania Kryzysowego w zakresie ochrony przeciwpożarowej nadzorowanej jednostki Miasta
- Wydziałem Finansowym w zakresie realizacji dochodów i wydatków Urzędu oraz ewidencji księgowej mienia
- Biurem Rozwoju Gdańska w zakresie realizacji Gdańskiej Polityki Wodnej.
Biuro Prezydenta ds. Sportu wykonuje zadania związane z nadzorem nad działalnością Gdańskiego Ośrodka Sportu.