Organy po pracach konserwatorskich i rekonstrukcyjnych powróciły na swoje historyczne miejsce w 2019r. Oryginalny, rokokowy prospekt organowy wykonany przez Jana Henryka Meissnera przetrwał pożogę wojenną, a przez 70 lat czekał w magazynach na odnowienie i powrót na swoje miejsce. Od czterech lat ponownie zdobi wnętrze Centrum św. Jana. Natomiast zniszczone w 1945 r. organy, zostały wiernie zrekonstruowane według oryginału Jana Fryderyka Rhodego z połowy XVIII wieku.
Podczas wakacji, odwiedzając Centrum św. Jana możecie usłyszeć brzmienie świętojańskich organów bocznych.