Świątynia została zbudowana w latach 1922–1923 według projektu prof. Friedricha Fischera.
Kościół św. Antoniego w Brzeźnie, widok w roku 1936
źródło: Gedanopedia
Kościół stanął na działce przy ul. Dworskiej 2 (do 1945 r. Weißhofer Straße), zakupionej w 1920 r., przez mieszkańców Brzeźna. Społeczność katolicka tej części miasta podlegała wówczas parafii w Oliwie, a następnie kościołowi św. Jadwigi Śląskiej w Nowym Porcie.
Kościół w Brzeźnie jest jednonawowy (długość 37 m, szerokość 16,40 m), przykryty dachem dwuspadowym, z dachówką tzw. holenderką. W strzelistej wieżyczce pośrodku dachu umieszczono dzwony.
Dzisiejszy wygląd kościoła pw. św. Antoniego Padewskiego
źródło: Facebook/ parafia św. Antoniego Padewskiego
Przed II wojną światową w bocznych ołtarzach zamiast nastaw umieszczono figury Serca Pana Jezusa i Matki Boskiej (obecnie obrazy Jezusa Miłosiernego i Matki Boskiej Częstochowskiej). Większość elementów tych ołtarzy pochodziła z kościoła św. Józefa na Starym Mieście.
W roku 1929 ustanowiono osobną parafię, która objęła także Zaspę oraz dwory: Biały, Czerwony, Czarny. W okresie 1923–1929 urządzono cmentarz, wybudowano dom parafialny i założono parafialne przedszkole.
W czasie II wojny światowej proboszczem parafii był ks. Brunon Binnebesel, zamordowany w 1944 r. przez hitlerowców.
Wnętrze kościoła
źródło: Facebook/ parafia św. Antoniego Padewskiego
W 1945 r. kościół został częściowo uszkodzony. Ucierpiały zwłaszcza wieżyczka, dach i sklepienie, okna oraz część murów. Otwarcie odbudowanej ze zniszczeń wojennych świątyni nastąpiło 1 marca 1946 r.
W latach 1980–1982 kościół rozbudowano i powiększono o nową część chórową.
źródło: Gedanopedia, internetowa encyklopedia Gdańska