O poprawę dostępności Morskiego Portu Gdańsk zadbał m.in. Urząd Morski w Gdyni, który w ramach Sektorowego Programu Operacyjnego Transport zrealizował projekt "Modernizacja wejścia do portu wewnętrznego". W ramach przedsięwzięcia wybudowano nowy Falochron Zachodni w miejscu rozebranego starego falochronu, czego efektem było poszerzenie wejścia do portu wewnętrznego (tzw. Nowego Portu) z 72 do 90 metrów. Dzięki temu możliwe stało się wprowadzenie do portu statków o długości 250 m, szerokości 36 m oraz zanurzeniu do 10,6 m. Inwestycja znacznie poprawiła bezpieczeństwo manewrowania i ruchu statków przy zwiększonej sile wiatru. Nowe wejście do portu umożliwia teraz bezpieczną żeglugę nawet przy 8 stopniach w skali Beauforta.
Istotne było także zmniejszenie ryzyka zagrożeń środowiska naturalnego, towarzyszących m.in. manewrowaniu dużych promów i jednostek pasażerskich oraz statków wpływających do stoczni Remontowa SA. Przebudowane wejście do portu, poza poprawą bezpieczeństwa żeglugi, zwiększa szybkość obsługi cumujących tu statków daje dodatkowy impuls do aktywizacji gospodarczej Portu Wewnętrznego.
Urząd Morski w Gdyni kontynuował, dzięki środkom unijnym, modernizację kolejnych elementów infrastruktury Portu Wewnętrznego w Gdańsku. Projekt "Modernizacja wejścia do Portu Wewnętrznego. Etap I - Przebudowa Falochronu Wschodniego" - w ramach którego roboty budowlane ruszyły w 2010 r. - sprzysłużył się dalszej poprawie bezpieczeństwa żeglugi.
Projekt "Modernizacja wejścia do Portu Wewnętrznego. Etap II - przebudowa szlaku wodnego na Martwej Wiśle i Motławie" pozwolił natomiast odtworzyć i przystosować dla potrzeb lokalnej żeglugi i miłośników turystyki wodnej fragmenty nabrzeży Martwej Wisły i Motławy. Beneficjentem projektu był Urząd Morski w Gdyni.
W ramach Projektu wykonano następujące prace:
1) budowa toru wodnego na Martwej Wiśle,
2) przebudowa i obudowa brzegów Kanału Płonie,
3) przebudowa Nabrzeża Szyprów,
4) przebudowa Nabrzeży Motławy (odcinki I-VI),
5) przebudowa i remont Nabrzeży Wyspy Ołowianka,
6) przebudowa nabrzeża Motławy odcinek nr VII.
W lipcu 2014 roku zakończono prace związane z przebudową nabrzeży północnego cypla Wyspy Spichrzów w ramach projektu europejskiego pn. "Modernizacja wejścia do portu wewnętrznego (w Gdańsku). Etap II - przebudowa szlaku wodnego na Motławie." Beneficjentem projektu był Gdańsk – miasto na prawach powiatu.
Inwestycja miała na celu:
- wzrost sprawności i bezpieczeństwa żeglugi na Motławie i akwenach portowych m.in. poprzez wyeliminowanie osuwania się zniszczonych fragmentów starego nabrzeża do wody,
- zwiększenie dostępności obszarów portowych Głównego Miasta od strony wody,
- przeciwdziałanie dekapitalizacji nabrzeży oraz eliminację zagrożenia katastrofami budowlanymi.
W ramach przedsięwzięcia przebudowano łącznie 584 mb nabrzeża.
Od strony zachodniej (odcinek nr IX o długości 258 mb) wykonano:
- Nabrzeże wspornikowe oparte na palach stalowych i palisadzie ze ścianki szczelnej Larsena od długości 258,60 mb w 13 sekcjach konstrukcyjnych. Żelbetowy pomost nabrzeża zabezpieczony jest opierzeniem drewnianym z ramami odbojowymi.
- Pomost drewniany na nawierzchni nabrzeża w formie ciągu pieszego o szerokości 4 m, usytuowany na dwóch poziomach z zejściami schodowymi oraz rampą dla osób niepełnosprawnych, zabezpieczony od strony Motławy barierą stalowo-drewnianą.Płyta pomostu nabrzeża w dwóch miejscach została obniżona celem umożliwienia wysadzenia pasażerów z jednostek pływających.
- Wzdłuż ciągu pieszego ustawiono latarnie, balustrady ochronne, ławki, kosze na śmieci i stojaki ze sprzętem ratowniczym.
- Połączenie mola z mostem Zielonym wykonano za pomocą schodów.
Od strony wschodniej (odcinek X o długości 326 mb) zakres prac obejmował:
- budowę Stalowej ścianki szczelnej zwieńczonej oczepem żelbetowym kotwionym mikropalami.Na oczepie zamocowane są odbojnice drewniane, drabinki stalowe wyjściowe, pachoły cumownicze, krawężniki elastomerowe.
- Wzdłuż nabrzeża wykonanie ciągu pieszego o szerokości 4 m z kostki granitowej,
- ustawienie latarni, ławek, koszy na śmieci oraz stojaków ze sprzętem ratowniczym.
- Z mostu Stągiewnego wykonano zjazd dla osób niepełnosprawnych umożliwiający dostęp do nabrzeży dla osób niepełnosprawnych.