Pierwsze wzmianki o organach notuje się w 1568 roku. Wykonać je miał Balzer Stürmer z Malborka. W latach 1616–1618 Maren Friese wybudował kolejny 37-głosowy instrument, zamknięty w manierystycznej szafie. W 1703 roku organmistrz Tobias Lehmann przebudował organy. Rozbudowany instrument ostatecznie mieścił się w trzech szafach. Kolejne modyfikacje dodano w 1757 roku i w tym kształcie zabytek przetrwał do 1914 roku. Wtedy to na nowo zmodernizowano organy, rozszerzono tzw. dyspozycję organów do 58 głosów, zmieniono sposób gry na pneumatyczny, rozkład sekcji oraz stołu do gry. Tak duża przebudowana nie spowodowała jednak zmian w samym wyglądzie prospektu. W czasie II wojny światowej całość instrumentu rozebrano i wywieziono na Żuławy. Po 1945 roku organy wróciły do kościoła Świętej Trójcy, jednak – z powodu zniszczeń – nie ustawiono ich w pierwotnym kształcie i miejscu. Od początku XXI wieku trwają prace renowacyjne w kościele, a tym samym umożliwiono odtworzenie prospektu organowego na podstawie rysunków i zdjęć wykonanych w latach 1943–1944.
Odbudowa, renowacja i rekonstrukcja organów z kościoła Świętej Trójcy zaliczana jest do największych przedsięwzięć restauratorskich i rekonstrukcyjnych zabytków ruchomych na Pomorzu.
