Urodził się 20 września 1611 r. w Głogowie, na Dolnym Śląsku.
Był synem kaznodziei ewangelickiego Hirtena.
Od 1631 r. studiował medycynę, prawo i teologię na uniwersytecie we Francji i Holandii. By zdobyć pieniądze na naukę zatrudniał się w charakterze guwernanta bogatych protestanckich studentów z Polski.
W 1632 r., pod wpływem podróży do Holandii został unitarianinem. Po powrocie do kraju przebywał w Rakowie, Krakowie, Gdańsku i Toruniu, a potem ponownie za granicą m.in. w Lejdzie, Londynie i Paryżu.
W 1641 r. uzyskał tytuł doktor na uniwersytecie w Lejdzie. W tym roku wydał podręcznik do historii Polski “Florus polonicus seu polonicae historiae epitome nova”.
Po ponownym powrocie do kraju, po krótkim pobycie w Poznaniu, został lekarzem rodziny Sieniutów na Wołyniu, skąd wyjeżdżał często do Prus Królewskich, do Gdańska i Straszyna, gdzie swą siedzibę miał Paweł Iwanicki, ostatni ariański poseł w Sejmie Rzeczypospolitej. Wołyń opuścił po wybuchu w 1648 r. kozackiego powstania Bohdana Chmielnickiego.
Od 1651 Joachim Pastorius był lekarzem miejskim i profesorem gimnazjum w Elblągu.
W 1654 r., za sprawą zaprzyjaźnionego burmistrza Adriana von der Linde powołany został na stanowisko profesora prawa i historii w gdańskim Gimnazjum Akademickim. W latach 1655–1667 był także inspektorem tej szkoły.
Za cztery godziny wykładów tygodniowo i pełnienie obowiązków bibliotekarza otrzymywał 500 talarów (1500 florenów) rocznie.
W swych wystąpieniach i naukach zwracał szczególną uwagę na historię narodową, szczególnie Polski i Pomorza. W tej dziedzinie jego największym osiągnięciem była wydana już pośmiertnie (1685) praca “Historia Poloniae partes duae”.
Joachim Pastorius pełnił funkcję dyplomaty w służbie króla polskiego Jana Kazimierza. W tej roli m.in. wygłosił wstępną mowę “Aurora paois” (Jutrzenka pokoju) i protokołował rozmowy polsko-szwedzkie poprzedzające zawarcie pokoju oliwskiego. Podczas rokowań otrzymał z rąk cesarza Leopolda I nobilitację, potwierdzoną w 1662 r. uchwałą polskiego Sejmu; nazwisko od 1660 r. uzupełnił tytułem „von Hirtenberg”.
W 1664 r. kolejną uchwałą Sejmu przyznano mu dożywotnie roczne wynagrodzenie w wysokości 600 złotych z dochodów żup solnych w Wieliczce.
W sierpniu 1667 r. zrezygnował z profesury w Gdańsku, jednak mając nadzieję na wykorzystanie jego rozlicznych znajomości na dworze królewskim, gdańska Rada Miejska przyznała mu dożywotnio roczną pensje w wysokości 300 florenów.
W 1669 r. Joachim Pastorius przeszedł z rodziną, żoną, pięcioma synami i trzema córkami, na wiarę katolicką. Zrobił to w opactwie cystersów w Oliwie na ręce opata Michała Hackiego.
W 1672 r. został zarządcą administracyjnym zamku w Malborku i właścicielem majątków na Żuławach Gdańskich.
W 1675 r. przyjął święcenia kapłańskie, od września 1676 był proboszczem w Tczewie.
W okresie 1678–1681 (do śmierci) Joachim Pastorius był proboszczem gdańskiego kościoła NMP, urzędującym w oparciu o budowaną Kaplicę Królewską, której kamień węgielny poświęcił 21 lipca 1678 r.
Był też proboszczem w kościele św. Wojciecha od 1679 r. do śmierci (było to drugie trzymane jednocześnie probostwo, obok kościoła NMP).
Od 1680 r. Joachim Pastorius był także kanonikiem warmińskim we Fromborku, gdzie zmarł. Został pochowany w tamtejszej katedrze, zachowało się jego epitafium.
Od 1945 r. jest patronem ulicy w Gdańsku-Przeróbce.
źródło: Gedanopedia, internetowa encyklopedia Gdańska
