Budowa świątyni na Głównym Mieście stała się konieczna po przejęciu przez protestantów kościoła NMP.
Powstanie nowego kościoła zainicjował w 1678 r. goszczący wówczas w Gdańsku król polski Jan III Sobieski, od którego powstała zwyczajowa nazwa Kaplica Królewska.
Większość środków przeznaczonych na budowę (80 000 złotych) pochodziła jednakże z zapisu testamentowego, zmarłego w Gdańsku w sierpniu 1677 r. prymasa Polski, arcybiskupa gnieźnieńskiego Andrzeja Olszowskiego.
Oficjalnie była ona kościołem pod wezwaniem Ducha Świętego oraz św. Andrzeja Apostoła i św. Jana Chrzciciela.
Kamień węgielny położono 21 lipca 1678 r., budowę zakończono 10 maja 1681 r. Kolejne prawie dwa lata trwały wewnętrzne prace wykończeniowe.
Miejscem wyznaczonym na budowę tego katolickiego kościoła była północna część działki zajmowanej przez plebanię, konieczne było na początku wyburzenie stojących tam pięciu kamienic.
Pracami przy wznoszeniu kościoła kierował Barthel Ranisch. Autorem koncepcji przestrzennej był prawdopodobnie Tylman van Gameren, najwybitniejszy architekt działający wówczas na terenie Rzeczypospolitej (zachowały się rysunki wykonane jego ręką, przedstawiające budynek podobny do gdańskiej kaplicy).
Od 1840 r. Kaplica Królewska miała tytuł katolickiego kościoła parafialnego Głównego Miasta, zastąpił ją w tej funkcji w październiku 1962 r. kościół NMP.
W XVIII–XX wieku świątynia była kilkakrotnie remontowana i przebudowywana, m.in. w 1828 r. powstała empora i malowidła w kaplicy, ostatnie prace przed II wojną światową przeprowadzono w latach 1934–1937.
W 1945 r. spłonęło wnętrze z wyposażeniem (w tym drewniana empora), runęły fragmenty murów i filarów, inne wychyliły się od pionu, uszkodzone były sklepienia, dach i latarnia nad kopułą.
Prace przy odbudowie kaplicy rozpoczęto w 1946 r., przywrócono ją do użytku w czerwcu 1948 r. W kolejnych dekadach kościół był kilka odnawiany i remontowany, ostatni raz w 2025 r.
Kaplica Królewska jest budowlą nietypową dla centrum Gdańska, ze względu na dość rzadką tu barokową stylistykę i tynkowane zewnętrzne powierzchnie murów, kontrastujących z masywem kościoła NMP.
źródło: Gedanopedia, internetowa encyklopedia Gdańska
