Urodził się 20 maja 1927 roku w Toruniu, od 1933 roku mieszkał z rodzicami w Gdyni, gdzie jego ojciec, Stefan Wajda, w stopniu kapitana kontynuował zawodową służbę w Polskiej Marynarce Wojennej (PMW).
W latach 1947-1952 studiował na Wydziale Lekarskim Akademii Medycznej w Gdańsku, od 1951 roku (jeszcze w czasie studiów) zatrudniony w III Katedrze i Klinice Chirurgii. W latach 1972-1997 kierownik II Kliniki Chirurgii Ogólnej (późniejszej Katedry i Kliniki Chirurgii Ogólnej, Gastroenterologicznej i Endokrynologicznej). Od 1984 do 1987 roku prorektor do spraw klinicznych AMG, w latach 1993-1999 rektor. Od 1996 do 1999 wiceprzewodniczący Konferencji Rektorów Akademii Medycznych w Polsce.
Prowadził badania nad leczeniem ostrego zapalenia trzustki oraz operacyjnym leczeniem guzów chromochłonnych nadnerczy. Prof. Zdzisłąw Wajda był uważany za pioniera nowoczesnych metod endoskopowych oraz technik mało inwazyjnych w chirurgii w Polsce.
Członek wielu międzynarodowych towarzystw naukowych, w latach 1992-1995 także zastępca sekretarza generalnego i prezydent Eurochirurgii, członek założyciel European Academy of Surgical Sciences.
Zmarł 16 kwietnia 2018 roku w Gdańsku.
