Tymczasem Gdańsk był dopiero od 14 lat rządzony przez Prusy. Miasto było co prawda od wieków niemieckie pod względem językowym i kulturowym, ale gdańszczanie cieszyli się swoją miejską wolnością i wcale nie było im spieszno do życia pod pruskim butem.
Ich hanzeatycka niezależność została najpierw osłabiona przez politykę króla Fryderyka II Wielkiego i w końcu złamana - dopiero w 1793 r. - przez jego następcę, Fryderyka Wilhelma II Hohenzollerna. Gdańsk bronił się jak mógł przed tą uzurpacją, ale ostatecznie uległ, bowiem nie był w stanie wygrać z rozpętaną przez Prusy długotrwałą wojną handlową i oddziałami wojsk, które w przemarszach demonstrowały swoją siłę pod murami miasta. Gdańskowi nie mogła pomóc Rzeczpospolita, w której sprawy toczyły się już pod dyktando zaborców. Prośby miejskich władz o protektorat ze strony carycy Katarzyny II ze zrozumiałych dziś względów też spełzły na niczym. Prośby o pomoc wysyłane do Francji i Anglii pozostały bez odpowiedzi.
Napoleon Bonaparte, jako nowy potężny gracz na mapie Europy pokonał Prusy, co entuzjastycznie przyjęte zostało przez polskie społeczeństwo i życzliwie przez część niemieckiego Gdańska. Prusacy nie od razu poddali miasto - zamienili je w twierdzę i bronili zacięcie przez ponad 2 miesiące. Jedną z zasług oddziałów polskich było zdobycie w marcu 1807 r. dzisiejszego Chełmu (Stolzenberg). Oblężenie trwało do maja, kiedy to Prusacy poddali się. 27 maja marszałek Lefebvre odebrał kapitulację na ul. Długiej, przed Ratuszem Głównomiejskim. Szczęśliwy ze zdobycia Gdańska cesarz Napoleon przyjechał do miasta 31 maja i pozostał w jego murach do 2 czerwca.
Bonaparte uczynił marszałka Francois-Josepha Lefebvre księciem Gdańska. W mieście nastały rządy francuskie.
Utworzenie tak zwanego I Wolnego Miasta Gdańska w lipcu 1807 r. nie było więc dla miasta tak wielkim okupacyjnym dramatem, jak by tego chciała niemiecka historiografia. Niechęć do Francuzów zaczęła przybierać na sile dopiero z upływem czasu - wskutek ogromnych kontrybucji (Napoleon potrzebował pieniędzy na sfinansowanie swojej machiny wojennej) i niemałych kosztów ponoszonych na utrzymanie napoleońskiego garnizonu: żołnierzy i koni, co rujnowało ówczesnych gdańszczan. Miasto wróciło do Prus w 1813 r., po klęsce Napoleona w Rosji. Wolne Miasto Gdańsk z mapy Europy zostało wymazane ostatecznie w 1815 r. na kongresie wiedeńskim.
O utworzeniu I Wolnego Miasta Gdańska ciekawie pisze wybitny znawca epoki, prof. Andrzej Nieuważny, w książce “Napoleoński marszałek i alzacka praczka. Francois-Joseph Lefebvre i Madame Sans-Gene, czyli książę i księżna Gdańska”, którą można znaleźć m.in. w sklepiku Domu Uphagena przy ul. Długiej.
Wartościowe informacje na ten temat znajdują się też w Gedanopedii.