PESEL jest administrowany centralnie. Samorządy nie mają możliwości samodzielnego wprowadzenia jakiekolwiek zmiany do bazy centralnej. Rejestry ZUS i urzędów skarbowych zasilane są danymi z rejestru PESEL automatycznie.
Gdański magistrat wystąpił do WSA o odpis wyroków, na podstawie którego niezwłocznie po otrzymaniu dokumentów z WSA przygotuje odpowiednie pisma w sprawie zmiany w systemie PESEL i CEPIK. Urząd Miejski w Gdańsku chce w ten sposób jak najszybciej uporządkować wszystkie kwestie związane z uchyleniem zarządzenia zastępczego wojewody pomorskiego.