Konflikt dotyczy zapowiadanych przez Nawrockiego zmian w MIIWŚ. Były dyrektor MIIWŚ, prof. Paweł Machcewicz, odwołany ze stanowiska po ośmiu latach tworzenia placówki, stoi na stanowisku, że stworzona przez jego zespół wystawa chroniona jest prawami autorskimi. W związku z tym nowe władze MIIWŚ nie mają prawa dokonywać żadnych "korekt": nie mogą zmieniać ekspozycji, przerabiać multimediów, dostawiać, wymieniać i usuwać eksponatów.
Machcewicz tłumaczy: “Ta wystawa jest efektem ośmiu lat ciężkiej pracy najwybitniejszych historyków polskich i zagranicznych, z którymi dr Nawrocki nie może się równać pod żadnym względem. Podpisali się pod nią tak wybitni znawcy II wojny i XX wiecznych totalitaryzmów jak Norman Davies, Timothy Snyder, Tomasz Szarota, Włodzimierz Borodziej, Jerzy Borejsza, by wymienić tylko niektórych”.
Tymczasem nowy dyrektor, Karol Nawrocki, już zapowiedział, że dokona zmian i to wkrótce. Chodzi m.in. o rozszerzenie wątków (bo są one obecne na wystawie) o zbrodni w Ponarach, Polakach w Wolnym Mieście Gdańsku i dodanie tablicy o zbrodniach NKWD na Polakach. Nawrocki uważa też, że tablica informująca o liczbie ofiar, jakie poniosły w czasie wojny poszczególne państwa, jest myląca. Ponadto przeszkadza mu piosenka zespołu The Animals “The House of the Rising Sun” wykorzystana w filmie zamykającym wystawę, a mówiącym o świecie zimnej wojny, aż do współczesności. Zdaniem Nawrockiego utwór jest “zawstydzający”.
W wywiadzie dla prawicowego, pro-PiSowskiego portalu niezalezna.pl, Nawrocki odniósł się do oświadczeń prof. Machcewicza: “Ktoś, komu zależałoby bardziej na wystawie, a mniej na samym sobie, powiedziałby, że dobrze, iż znajdą się na wystawie pominięte Ponary, los Polaków w Wolnym Mieście Gdańsk i wkomponowana w stylistykę wystawy tablica o operacji polskiej NKWD. Dobrze, bo to dzieło wciąż żyje, a poprawki sugerują sami twórcy wystawy – pracownicy Muzeum. Ponadto zostaną wprowadzone złożone wiele miesięcy temu na wniosek pracowników poprawki multimedialne, czy pokazane nowo pozyskane eksponaty dotyczące Westerplatte. W interesie poprzedniej dyrekcji i zwiedzających jest też chyba zmiana zawstydzającej melodii o domu w Nowym Orleanie [piosenka The Animals - red.].”
Dalej Nawrocki atakuje prof. Machcewicza personalnie: “Prof. Machcewicz wciąż zachowuje się tak, jakby dyskusja dotyczyła rodzinnego sklepu z pamiątkami, a nie publicznej, wielomilionowej inwestycji, która stawia przed nami konkretne zadania. Tytuły naukowe nie zawsze idą w parze z dobrymi decyzjami i logiką - są rzeczy, które trzeba zrobić w miarę szybko, bo wprowadzają zwiedzających w błąd lub w zakłopotanie. A ta placówka pełni funkcję kulturalną i edukacyjną. Mamy konkretne obowiązki, przy oczywistych błędach, które dla pana profesora są „manipulacjami” (pomylona tabela ze statystyką). Nie ma co czekać do czasu, kiedy o najdroższym polskim muzeum będzie decydować wybrany za 27 lat dyrektor i być może już dzieci jedynych autorów sprywatyzowanej państwowej wystawy. To absurd.”
MIIWŚ zostało otwarte 23 marca 2017 roku i zdążyło je już odwiedzić ponad 100 tysięcy zwiedzających. Profesor Paweł Machcewicz oraz jego zastępcy, dr Piotr Majewski i dr Rafał Wnuk, zostali zwolnieni, a wicedyrektor, dr Janusz Marszalec, zdegradowany na niższe stanowisko. Muzeum zostało niedawno poświęcone przez abpa Sławoja Leszka Głodzia. Nawrocki zapowiedział, że jednym z jego doradców będzie Jan Żaryn, senator PiS, a ostatnio rozmawiał także w siedzibie muzeum z dr Sławomirem Cenckiewiczem, dyrektorem Wojskowego Biura Historycznego, znanym lustratorem Lecha Wałęsy, oskarżającym go o długoletnią współpracę z SB.