Program stypendialny ruszył w 2005 roku z inicjatywy prezydenta Gdańska. Celem stypendium jest umożliwienie najzdolniejszym absolwentom szkół średnich, będących mieszkańcami Gdańska, podjęcie studiów na renomowanych uczelniach zagranicznych. W ten sposób władze miasta Gdańska chcą przyczynić się do tworzenia przyszłych elit intelektualnych miasta i kraju. Stypendysta ma obowiązek zdobywania wiedzy i umiejętności, osiągania wysokich wyników, a także reprezentowania i promowania Gdańska na uczelni oraz podejmowania pracy wolontariackiej.
Początkowo stypendia były przyznawane gdańskim absolwentom matury międzynarodowej. Od 10 lat mogą się o nie ubiegać również osoby legitymujące się maturą polską i wybitnymi osiągnięciami oraz działalnością na rzecz środowiska gdańskiego.
Stypendium Naukowe Prezydenta Miasta Gdańska im. Gabriela Daniela Fahrenheita jest pierwszym w Polsce stypendium przeznaczonym na finansowanie studiów zagranicznych.
Od roku akademickiego 2005/2006 do 2016/2017 przyznano 342 stypendia na łączną kwotę 8 418 500 zł.
Na rok akademicki 2017/2018 Kapituła Stypendialna przyznała 23 stypendia na łączną kwotę 578 000,00 zł. Stypendia otrzymało 18 studentów, którzy otrzymywali je w poprzednim roku akademickim oraz 5 nowych studentów rozpoczynających studia poza granicami kraju.
O stypendium mogą ubiegać się studenci rozpoczynający jednolite studia magisterskie, magistersko-inżynierskie lub licencjackie I i II stopnia. Stypendia wypłacane są w równych ratach przez 9 miesięcy. Wnioski złożone przez kandydatów na stypendystów rozpatruje Kapituła Stypendialna, której Przewodniczącym jest Prezydent Miasta Gdańska.
